中心设立事业类和企业类双法人机构，由中国工程院院士、浙江理工大学校长陈文兴担任主任。事业类法人单位负责科创平台运行管理，根据工作需要设立了综合管理部、财务管理部、人力资源部、科研发展部、合作发展部和条件保障部等行政管理部门，形成了以服务中心整体运行、服务团队技术创新为宗旨的内设行政机构。事业类法人单位出资成立浙江现代纺织技术创新中心有限公司，负责市场化运作，积极拓展技术开发、技术转让、检验检测、培训服务、成果推广应用、知识产权咨询等工作。